Saia no prompt de comando como ADM e entre na letra do seu pendrive ex:
digite cd\
depois se seu pendrive estiver com a letra F:\ por exemplo você digita
cd F: e enter
Agora você digita o comando
Attrib -A -R -H -S -I /D /S e de um enter
Depois que acaber digite o seguinte comando
Del *.lnk e enter
E depois o que tiver de diferente no seu pendrive pode apagar principalmente extensão com .exe.
Espero ter ajudado.